De son Systema naturae, où il distribue en classes, ordres, genres et espèces tous les représentants connus des règnes végétal, animal et minéral, la postérité retiendra surtout sa classification botanique. Celle-ci divise les plantes en 24 classes, principalement en fonction de la structure des organes sexuels mâles (étamines) et femelles (pistil). Ayant peu voyagé, Linné est avant tout un naturaliste de cabinet, dont le génie est d’avoir réussi à synthétiser l’ensemble des connaissances accumulés à travers le monde depuis l’Antiquité. Il révolutionne la systématique en proposant un système hiérarchisé unique qui sera pendant longtemps la référence universelle. Il impose au monde la nomenclature binomiale proposée par Bauhin, toujours en vigueur aujourd’hui, devenant ainsi le « père » de la taxinomie moderne. Enfin, il est l’auteur de la première flore mondiale, qui présente les 20 000 espèces connues à l’époque (Species Plantarum).